姨妈结束后还有褐色分泌物，可能是由多种原因导致的，主要包括以下几点：

1. 残留经血：有时经期结束后，宫腔内可能还有少量未排出的经血，这些血液在排出过程中与分泌物混合，形成褐色分泌物。这通常是正常现象，无需过于担心。
2. 激素水平变化：月经周期中，女性体内激素水平会发生变化。若激素水平波动较大，可能导致子宫内膜少量脱落，从而产生褐色分泌物。
3. 妇科炎症：如宫颈炎、盆腔炎等，可能导致阴道或子宫出血，与分泌物混合后呈现褐色。这类情况需要及时就医，进行针对性治疗。
4. 宫内节育器影响：部分女性在使用宫内节育器后，可能出现不规则出血，导致褐色分泌物出现。如症状持续，建议咨询医生调整或取出节育器。
5. 药物影响：某些含有活血化瘀成分的中成药，可能在一定程度上影响月经。虽然这类药物通常不会导致严重问题，但如出现异常情况，建议及时咨询医生。

除了以上几点，还有可能是其他罕见疾病导致的。因此，如姨妈结束后持续出现褐色分泌物，建议及时就医，以便专业医生进行诊断和治疗。同时，女性在用药时应遵医嘱，切勿自行调整药物用量或更换药品。